Hola, chicos.
Independientemente de la linea del proyecto JonZaragoza (que es mas urgente)
tengo una pregunta sobre un estudio diferente. En este caso son 4 grupos de
muestras de raton en la que he hecho un RNAseq y he llegado sin problema hasta
el test de expresion diferencial. Como hay muchos genes regulados (incluye un
tratamiento con LPS) queria hacer un GOseq. Los ficheros de genes ensayados y
de genes regulados (txt y csv) son los que os adjunto, junto con el log file.
Por el mensaje de error me da la sensacion de que el programa no esta cargando
adecuadamente el genoma de raton (me pide los datos de tamaño de gen como si
fuera un genoma custom). Como esto ya nos pasaba con humano hace tiempo y lo
soluciono Ahmed (habia que cargar desde BioMArt toda la informacion de tamaños
etc. etc.), me pregunto si puede ser el mismo tipo de problema que ahora lo
vemos en raton. ¿que opinais? ¿Necesitais mas datos del proyecto?
Gracias!
Ricardo
Attachments
