Hoplas, Carlos & equipo. Te escribo a forum@biotechvana (creo que lo prefieres
asi y os llega a todos).
Tengo unos problemillas al lanzar un RNAseq en GPRO que me imagino que son los
ajustes del paso al nuevo servidor Cassandra.
El Prinseq que lance fue muy bien, ahora estaba queriendo lanzar un mapeo con
TopHat y ahi me he atascado.
Lo primero (esto es poca cosa) es que cuando acaba envia el error al correo
dice que adjunta el log file como siempre, pero no hay adjunto (en este correo
te mando el log file, que me he descargado desde el servidor).
El fallo no se si podria ser de permisos, porque el mensaje de error es:
/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory
Quiza tenga que ver con acceso a otras bases de datos. Por si era ese el
problema, no tenia el genoma.fa ni el gtf en el nuevo servidor asi que los
descargue del antiguo y los volvi a subir al nuevo. No funciono y por si
acaso, hice lo mismo con un btl2, que tampoco funciono.
He probado a usar como receptora distintas carpetas (os mando un TopHat
command por si ayuda) pero no ha funcionado ninguna. El proceso arranca pero
inmediatamente salta el error, por eso pienso que es algo de permisos de
escritura o acceso a alguna herramienta, que no esta aun bien autorizada en el
Cassandra… (tiene sentido?)
Ya me direis que os encontrais o si necesitais alguna informacion de mi parte.
Si fuera muy latoso o laborioso, quiza os pida correr ese TopHAt de las 6
muestras del proyecto YaniraJAn24, porque tengo un poco de compromiso de
fechas.
Muchas gracias por la ayuda, y ya me ireis diciendo
Saludos desde el soleado MAdrid pre-.primaveral, casi pre-veraniego
ricardo
--
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Ricardo Ramos Ruiz
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