Tengo una preguntilla sobre la mejor estrategia para hacer un test de
expresion diferencial sobre smallRNAs
Se trata de una secuencias de smallRNAs de trigo. He bajado el archivo fasta
de RNAcentral con todas las entradas de smallRNA de Triticum aestivum
(estrategia copiada de Bea, of course)
Me ha parecido que el protocolo mas acertado cuando mapeo frente a un fasta
sin gtf es el de Mapping & Counting dentro de G-PRO ¿es correcto? (ya que no
es un genoma todo seguido sino 350.000 entradas de small RNAs pequeños o
medios). ¿Me confirmais please?
Y la siguiente pregunta es cual mapeador usar. Como Bowtie o bwa estan
diseñados para genomas largos tipo humano, he preferido usar HiSAT ¿es una
buena eleccion? O es mejor ir al clasico TopHAt sin usar gtf (que no se si se
puede o salta error)
Pues eso, que se admiten comentarios y sugerencias…
(de momento, lo he lanzado aunque no puedo ver el progreso, ya le he comentado
ese problema a Ahmed)
Gracias, chicos!
Ricardo
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Ricardo Ramos Ruiz
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