Hola, Bea and everyone there.
Tengo una consulta de un experimento que he hecho con G-PRO.
En resumen, esto fue lo que le mande a la IP:
el programa de mapeo fue HiSat y el recuento de lecturas la hicimos con
Corset. Como en este caso no hay un archivo gtf de anotacion, lo que hicimos
fue descargar todas las secuencias de noncodingRNAs de trigo de la base de
secuencias RNA-Central y despues hacer un test de expresion diferencial con
las mismas comparaciones que habiamos hecho para mensajeros. La forma en que
trabajan estos programas es contar los “clusters” y asignar luego cada cluster
con una entrada de la identificacion en RNA central. Los estudios de expresion
diferencial los hicimos con el programa EdgeR usando solamente los clusters
con un minimo de 20 lecturas de media en el estudio.
Me pregunta la IP lo siguiente: ¿Que criterio habeis seguido para obtener los
clusters? (ej. mayor de 99% de homologia de secuencia)
¿Esto tiene una respuesta sencilla?
Ya me decis, cuando acabeis esa Pascua tardia que mola tanto
Gracias!!!!
Ricardo
--
De conformidad con el art iculo 13 del Reglamento (UE) 2016/679 del
Parlamento Europeo y del Consejo, de 27 de abril de 2016, relativo a la
proteccion de las personas fisicas en lo que respecta al tratamiento de datos
personales y a la libre circulacion de estos datos, le informamos de que los
datos personales obtenidos por Fundacion Parque Cientifico de Madrid en
cumplimiento de las relaciones contractuales mantenidas con ustedes seran
tratados con la finalidad de gestion de las relaciones comerciales. La base
legal para el tratamiento es el consentimiento prestado por usted. Para mas
informacion y saber como ejercitar sus derechos visite:
https://fpcm.es/politica-privacidad/
Ricardo Ramos Ruiz
Unidad de Genomica Parque Cientifico de Madrid
C/ Faraday 7. 28049 MADRID
[ricardo.ramos@fpcm.es](mailto:ricardo.ramos@fpcm.es)
Telefono 672 171 500
www.fpcm.es
